Обязательства, в том числе возникшие из договора, прекращаются совпадением должника и кредитора в одном лице. Соответственно прекращаются и обязательства организации-продавца по поставке товаров или возврату соответствующих сумм авансовых платежей организации, реорганизованной путем присоединения к организации-продавцу.

Следовательно, НДС с аванса, полученного от организации, реорганизованной путем присоединения к продавцу, подлежит вычету у правопреемника в налоговом периоде, в котором осуществлена реорганизация в форме присоединения.

Если присоединившаяся к продавцу организация ранее приняла налог к вычету, его необходимо восстановить. (ПИСЬМО Минфина РФ от 25.09.2009 № 03-07-11/242)